A Diretoria tem como função encaminhar as decisões da Assembleia Geral e do Conselho Superior, decidir sobre as atividades e funcionamento do CESEEP, escolher o seu coordenador geral e sancionar o plano de cargos e salários dentro da programação e do orçamento do plano trienal, aprovado pela Assembleia. É composta de quatro membros escolhidos dentre os associados em Assembleia Geral, com mandato de três anos.